El valor de los ecosistemas presentes en la comarca de Babia queda de manifiesto por la existencia de varios hábitats naturales considerados de interés comunitario, lo que ha propiciado ser propuesta como Lugar de Importancia Comunitaria (LIC), para formar parte de la Red Natura 2000. Estos hábitats, algunos de ellos de interés prioritario (identificados con asteriscos), son los siguientes:
3150 Lagos eutróficos naturales con vegetación Magnopotamion o Hydrocharition.
3220 Ríos alpinos con vegetación herbácea en sus orillas.
3260 Ríos de pisos con planicie a montano con vegetación de Ranunculion fluitantis y de Callitricho-Batrachion.
4020** Brezales húmedos atlánticos septentrionales de Erica tretalix
4030 Brezales secos europeos
4060 Brezales alpinos y boreales
4090 Brezales oromediterráneos endémicos con aliaga.
5120 Formaciones montanas de Cytisus purgans
6140 Prados pirenaicos silíceos de Festuca eskia
6160 Prados ibéricos silíceos de Festuca indigesta.
6171 Prados alpinos y subalpinos calcáreos.
6212 Prados semi-naturales y facies de matorral sobre sustratos calcáreos (Festuco-Brometalia)
6220** Zonas subestépicas de gramíneas y anuales del Thero-Brachypodietea.
6431 Megaforbios eutrófilos higrófilos de las orlas de llanura y de los pisos montano a alpino.
7130 Turberas de cobertura.
7230 Turberas bajas alcalinas.
8110 Desprendimientos silíceos de los pisos montano a nival (Androsacetalia alpinae y Galeopsietalia ladani).
8130 Desprendimientos mediterráneos occidentales y termófilos.
8211 Pendientes rocosas calcícolas con vegetación casmofítica.
8220 Pendientes rocosas silíceas con vegetación casmofítica.
8230 Roquedos silíceos con vegetación pionera del Sedo-Scleranthion o del Sedo-albi-Veronicion dillenii.
9150 Hayedos calcícolas medioeuropeos del Cephalantero-Fagion.
92A0 Bosques galería de Salix alba y Populus alba.
9230 Robledales galaico-portugueses con Quercus robur y Quercus pyrenaica.
Los hábitats que se encuentran en mejor estado de conservación, pudiendo ser considerados como los más representativos en relación a su entorno, son los prados pirenaicos silíceos de Festuca eskia, los lagos eutróficos naturales con vegetación Magnopotamion o Hydrocharition, y los ríos alpinos con vegetación herbácea en sus orillas. Este último tiene especial valor por la superficie relativa que ocupa a nivel nacional (al menos el 15% de la superficie del hábitat existente en España se encuentra aquí).